Das Vorgehen unterscheidet sich nicht wesentlich von einander, aber dieser Abschnitt behandelt die Verschlüsselung am Beispiel der Systempartition. Im nächsten Schritt muss man angeben, ob Windows das einzige Betriebssystem ist, oder ob parallel dazu noch ein Linux oder ein weiteres Windows installiert ist. Dieser Artikel geht nur auf die Single-boot-Konfiguration ein. Da die Multi-boot-Konfiguration komplexer ist, wird sie in einem extra Artikel behandelt. Nach der Auswahl von Single-boot und einem erneuten Klick auf Next gelangt man zu der von normalen TrueCrypt-Containern bekannten Auswahl des Verschlüsselungsverfahrens, auf die hier nicht näher eingegangen werden soll (weitere Hinweise dazu gibt es auf der TrueCrypt-Webseite). Normalerweise kann man die voreingestellten Werte übernehmen.

Im nächsten Schritt wird nach dem Passwort gefragt, dass zum einem hinreichend sicher sein sollte (Tipps dazu finden Sie im TrueCrypt-Fenster), zum anderen auf gar keinen Fall vergessen werden sollte. Es gibt keine Möglichkeit, das Passwort wiederherzustellen! Sollten Sie es vergessen, haben Sie keine Chance mehr, an die auf der Partition gespeicherten Daten zu kommen. Haben Sie ein Passwort gewählt, folgen Sie einfach dem Assistenten. Bevor die Partition verschlüsselt wird, zwingt TrueCrypt Sie dazu, eine Rettungs-CD zu brennen. Diese dient bei Problemen beim Starten von Windows oder dem TrueCrypt-Bootloader dazu, dennoch an die verschlüsselten Daten zu gelangen. Brennen Sie das von TrueCrypt erzeugte ISO-Image auf CD und legen Sie diese CD ein. Ehedem lässt TrueCrypt es nicht zu, dass Sie mit dem Assistenten fortfahren. Den Wipe Mode können Sie fürs erste auf None stehen lassen, wenn Sie nicht gerade befürchten, dass ein Geheimdienst Ihren Computer klauen könnte .

Im nächsten Schritt wird es dann ernst: TrueCrypt installiert den Bootloader, der Sie noch vor dem Windows-Start nach Ihrem eben festgelegten Passwort fragt. Beachten Sie unbedingt die Hinweise, die vom Programm nun angezeigt werden! Starten Sie danach den Computer wie gefordert neu. Hat alles geklappt, fragt Sie TrueCrypt nach erfolgtem Systemstart, ob Sie die Systempartition nun verschlüsseln wollen. Zur Sicherheit sollten Sie spätestens jetzt ein Backup aller wichtiger Daten, besser noch ein Image der Systempartition anfertigen. Mit Defer können Sie die Verschlüsselung erst einmal aufschieben. Ist alles bereit, startet ein Klick ein Encrypt den Vorgang, der abhängig von der Größe einige Zeit dauern kann. Beachten Sie wieder die Hinweise von TrueCrypt, die weiterhelfen, sollte etwas schiefgehen. Nach dem Abschluss ist die Partition verschlüsselt. Sie können direkt weiterarbeiten, sollten aber durch einen Neustart testen, ob auch alles funktioniert.